在科研竞争日益激烈的今天，单纯的数据堆砌已难以呈现高分文章。真正打动审稿人的，不仅是“看了之间的关系”，更是能否将差异串联成逻辑严谨、机制明确、以及具有转化潜力的“完成小故事”。单组织测序与蛋白质组学的结合，正成为实现这一目标的“白银搭档”。

单体细胞+蛋白质组 该怎样做好 1+1＞2？

单癌人体细胞测序善于作答“谁不如此”，深度贫困详解癌人体细胞异质性，遇到新亚群或发育成熟路径规划；而蛋白酶组学则进每一步阐释“为甚么不如此”，从功能表层面应用上表明团伙新机制与数据信息径路。前两者联手，不光能从“一些”推测“因果”，更能打造起多空间维度、高开导力的数学叙事。

篇文章三修真等级：从现状到机理，再到转化成

1、弟一重：原因分析型

研究方案工作目标：临床发现、细胞图谱绘制。

信息的特点：单细胞转录组揭示异质性，蛋白组验证与补充。

学术讨论價值：提供新的生物学视角，成为后续研究的“线索库”。

应运拜谱生物：卵巢癌分子亚型细胞图谱构建

本研究结合了基于质谱的淀粉酶组学和单受损细胞转录组测序（scRNA-seq）分析，提供了全面的分子式特点和细胞膜绿色体系视图。通过整合分析，识别出四种具有不同临床相关性的蛋白质亚型，详细描述了C2亚型的免疫细胞组成，发现CD40是C2亚型的特定预后因子，并且CD40+吞噬样巨噬细胞与CD40RL+IL17R CD4+T细胞的相互作用与良好预后相关。

2、二是重：原则生命的进化型

探讨个人目标：在现象的基础上，提出并验证潜在机制。

数据库优点：单细胞发现差异，结合蛋白组学等，指向通路和调控网络。

学术性币值：不仅“看见差异”，更“解释为什么”。

用途典型案例：肺纤维化再生机制

本研究通过新型脂质纳米颗粒（LNP）递送mRNA生成瞬时CAR-T细胞，成功清除肺纤维化中的过度活化成纤维细胞，并利用多组学技术全面解析了肺泡再生与免疫重建机制：血清质组学解锁食物纤维化与解决的重要性靶点，主要富集在 ECM调节、炎症和免疫相关通路，为揭示肺泡再生治疗机制提供了分子证据；单组织生殖细胞转录组测序（scRNA-seq）制作肺再生能力组织生殖细胞图谱与阐明免疫系统微氛围再塑机制化，精准解析治疗后肺泡上皮细胞、成纤维细胞及免疫细胞亚群的重编程，以及机体治疗后打破ECM硬化微环境，通过清除过活化的成纤维细胞破坏炎症纤维化循环的药效作用，与蛋白组学结果一致。（拜谱生物体为该探析提供数据了单细胞核转录组和核蛋白组学新技术开发性）

3、三重：被转化适用型

研究探讨目的：从现象到机制，再到应用落地。

统计资料优点：单细胞转录组与蛋白组，结合预后模型。

学术交流价值观：不仅解释机制，更为精准医疗提供检测方法以及治疗策略。

软件实例：早期子宫内膜癌预后预测模型

子宫内膜癌（EC）是全球女性健康的重大威胁，多组学技术的应用有助于识别更有意义的生物标志物，但很少有研究关注预后蛋白和肿瘤微环境（Tumor Microenvironment, TME）。本研究运用核蛋白组学检测分析方法筛选差异表达蛋白（DEPs），采用单血细胞转录组（scRNA-seq）进行细胞类型鉴定、差异表达基因（DEGs）分析以及细胞间相互作用研究，通过免疫组化（IHC）验证预后蛋白表达，并利用TCGA数据库数据进行外界证实和预测分析建模 建立。提升了早期EC患者的疗效危险因素分层现象总体水平和特性化根治的评估能效。

该怎样体现“单細胞+血清组”联用？

拜谱生物提供基于10x Genomics和墨卓双平台的单细胞转录组与蛋白组（覆盖定量蛋白组、靶向蛋白、多肽组及药靶发现）推进避免预案，助你戳破一种组学片面性，从多维度还原细胞功能全景，支撑从体系打磨到临床试验图片转换的全时延研究方案。

单细胞膜与蛋白酶组的联用，不再是简单的“数据叠加”，而是通过系统性的整合分析，把科研故事讲完整、讲深入、讲出应用价值。这才是打开顶刊之塔的“钥匙”。

参考资料论文资料：

[1]Tan R, Wen M, Yang W, et al. Integrated proteomics and scRNA-seq analyses of ovarian cancer reveal molecular subtype-associated cell landscapes and immunotherapy targets. Br J Cancer. 2025;132(1):111-125. doi:10.1038/s41416-024-02894-2 [2]Yan J, Wang SY, Su Q, et al. Targeted immunotherapy rescues pulmonary fibrosis by reducing activated fibroblasts and regulating alveolar cell profile. Nat Commun. 2025;16(1):3748. Published 2025 Apr 21. doi:10.1038/s41467-025-59093-7 [3]Mao, Xiaodan et al.“Multi-omics profiling reveal cells with novel oncogenic cluster, TRAP1low/CAMSAP3low, emerge more aggressive behavior and poor-prognosis in early-stage endometrial cancer.”Molecular cancer vol. 23,1 127. 17 Jun. 2024, doi:10.1186/s12943-024-02039-2