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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表明出大量的动物活力，涵盖抗癌症和抗病力毒的功效。平常，三萜是依据甲羟戊酸经由自动合成的，并从本身沉水植物和细菌中领取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊登了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的学习本文。该学习出现三萜类类化合物野生野生灵芝酸（GA）是在粘液培养教育的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物体转化率呈现的。依照转录组和球营养物质组学系统逐渐骤不断探索无柄野生野生灵芝菌丝体中DHT呈现四种野生野生灵芝酸（GA）的逻辑，并依照多个学系统检验到的性别差异化人类基因和性别差异化球淀粉酶，推断出DHT 怪物体合成图片 GA 的路径。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和的功能几大类

完成对无柄虫草真菌感染菌丝体做出转录组测序共拥有67230个转录本和14294个单遗传基因组组。在这单遗传基因组组中，494个被亲子鉴定为的差异形容遗传基因组组（DEGs），在这当中213个形容上涨，279个形容调整（图1A）。GO怪物丰度剖析后，DEGs划分为怪物环节（BP）、神经血细胞因素（CC）和氧分子模块（MF）3类。在BP类属中，诞生了前六个子类属：抗菌药分解成产生率环节，醋酸钠盐产生率环节和甲酸盐产生率环节;而在CC类属中，神经血细胞外区、突触组合体、突触机构是前六个亚类。来说MF类属，甲酸脱氢酶（NAD）渗透性、氧化物重置酶渗透性和酸氨（或酰胺）接触酶渗透性是前六个亚类属（图1B）。在DEGs的KEGG径路剖析中，前30条怪物丰度度更高的径路中含27条应归产生率，在这当中甲烷气体产生率、乙醛酸盐和二羧酸盐产生率、丙酸盐产生率预警径路为显著怪物丰度（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和功能性类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

用对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体对其实施营养素质组学研究概述，共要敲定了16,457种奇特肽、2606种营养素质和2588种化学发光法营养素质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的需求必要条件下，在那2606种营养素质中，94种被监定为距离传达营养素（DEPs），在当中52种调整，42种调低（图2A），图2C显现了距离传达营养素的聚类概述法研究概述热图。从GO研究概述来讲，BP门类显现，多半数DEPs操作冰醋酸盐分解率转化时候、抗菌素分离分解率转化时候和性药物分离分解率转化时候。CC类DEPs在内部膜外区、过钝化物酶体和微体中覆盖率较高的，钝化替换酶可溶性和甲酸脱氢酶（NAD）可溶性在MF类中DEPs的标准较高的（图2B）。与转录组结果信息显示似的，KEGG通道研究概述显现，大多DEPs在分解率转化中含有，在当中3条最含有的经过是光合生物技术制品中的碳加固、碳分解率转化和MAPK警报通道（图2D）。凡此种种，用研究概述GO数据库系统库的CC对DEPs对其实施亚内部膜固定研究概述和注脚（图2E），DEPs重点的地理分布在内部膜质（40.66%）、内部膜膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），认识论上是GAs生物技术制品分解的重点的部位。

图2|血清质组的酶联免疫法分享和系统认可

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

糊口物还原成和对比组得票数DEGs和DEPs加工了维恩图，有20个地域差异表示染色体（图3A）。对转录组和核蛋清组中E组和C组各有的DEGs/DEPs完成聚类了解了解，找到mRNA和核蛋清范围内有15-7个上涨染色体和5-7个下降染色体，DEGs及其译文资料的DEPs表示的水平呈正重要性，特征提取Pearson的重要性指数了解，在转录组和核蛋清组范围内探测到取决于较高的重要性性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）监测的可是显视，E组和C组1一个DEGs的展现情况差异性可观，其中的9个为上浮DEGs，两个为上涨DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展现未来趋势与转录成分析的可是一样。

图3|蛋白酶质组的化学发光法定性分析和模块效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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