在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

探讨的结果

1、从光敏培养计划細胞中提炼DNA热塑蛋白质

从而分割光交连核胆固醇-DNA复合材料物于LC-MS讲解，小编发掘没事种男变女纯化预案，可从DNA中去如果不是交连核胆固醇，仅在照射到时确定随便上色体组排斥丰度DNA交连核胆固醇。用TRIZOL抽取上色质并剔除入狱获的非交连核球营养物质，而后将其再一次分解以确定RNase消化酶系统。确定超声心动图剪接增值税核胆固醇交连DNA的抽取物，在硫氰酸胍中烧开男变女，并在二硫化硅离心力柱上心跳加快洗涤剂以去如果不是交连核胆固醇随后搞定。确定核酸酶治理 从DNA中放出光交连核球营养物质，并确定胰核球营养物质酶消化酶系统于LC-MS讲解。该的方式排列顺序为核胆固醇交连DNA抽取或XDNAX。

图1.蛋白质化学交联DNA生成或XDNAX的流程（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可随便遇到DNA的核营养物质图谱

将光热塑方案适用于MCF7生殖癌细胞，知道了1,805种获选蛋清质，当中1,191种会出现于3个或多次重覆中。60%的DNA上下级角色组可能含有核酸通过的GO批注，在短缺核酸通过批注的蛋清质质中，更大的成就来源于核纤层蛋清质，二是参与性印染质进行和生殖癌细胞裂开的蛋清质质（图2）。

图2 . 可真接接触性 DNA 的蛋清质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3汇报总结了DNA完美的用途组所蕴含的球球核苷酸含量-DNA表层还有其构成的核苷酸交连肽。这以及致使（1）球状DNA紧密联系节构域、（2）DNA 紧密联系混乱区（IDR）和（3）致使与其余球球核苷酸含量（诸如组球球蛋清酶紧密联系球球蛋清酶）、RNA（诸如剪接系数）或相区分区室（诸如核仁球球蛋清酶）完美的用途而从而导致的大环境表示。

图3 . 可会打交道 DNA的空间结构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、酶联免疫法生殖细胞扰动期间内与DNA紧密联系的转录指数公式

雌雌性的女性激素肾上腺素受体α（ESR1）驻落到胞质溶胶中，等你撞见其配体，引起易位到上皮神经元，在去哪里它与表观遗传组中的某些范围融合以激活码某些的转录流程。将血清饥饿的MCF7上皮神经元表露于高用量雌雌性的女性激素（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与仿真净化处理的十分上皮神经元十分这些的DNA彼此能力组（图4A）。其中的，雌雌性的女性激素敏感后DNA彼此能力组中的ESR1多了30倍（图4B）。总体而言就，在1,814个按量的氨基酸质-DNA彼此能力中，约有9%信息显示出突破2倍的特殊变迁，并观测到与ESR1都具有彼此能力的氨基酸如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 性激素药净化处理乳房癌组织 DNA 上下级的功效组的参考值比效（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

科技实验迈入表观遗传组的球膳食纤维以了解到它是是怎样的被显示并付诸时间的，一致是科技实验相关人员一两个暂时的追求理想。表观遗传组可及性关键以DNA为中的立场对其进行科技实验，其实，到日前就行，上色质凝露中的什么球膳食纤维与DNA 会发生高中物理能够 意义尚不清晰。适用零长距离光化学交联，可知道DNA能够 意义组中的基本上都数球膳食纤维，XDNAX技艺将身为球膳食纤维-DNA能够 意义科技实验的厉害专用工具。

拜谱个人心得体会

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的膳食纤维质组学、突显组学、基础代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

规范论文资料：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.